Les kaiju sont d'effroyables monstres qui surgissent de nulle part pour attaquer la population. Au Japon, ces apparitions font désormais partie du quotidien... Enfant, Kafka Kibino rêvait d'intégrer les Forces de Défense pour combattre ces terribles ennemis, mais après de nombreux échecs à l'examen d'entrée, ce trentenaire travaille à nettoyer les rues de leurs encombrants cadavres. Jusqu'au jour où une mystérieuse créature s'introduit dans son organisme et le métamorphose en une entité surpuissante mi-humaine, mi-kaiju.